Los blancos se han impuesto en seis de ellas, mientras que cinco cayeron del lado bávaro.
El Real Madrid salió vencedor de la última, la pasada edición, en la que se vieron las caras en cuartos.
El último triunfo del Bayern data de la campaña 2011-2012, curiosamente también con Jupp Heynckes en el banquillo. Aquella eliminatoria se resolvió en los penalties, con el famoso lanzamiento fallado por Sergio Ramos.
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Estos son todos los cruces entre Bayern y Real Madrid de la historia en la Champions League:
| TEMPORADA | RONDA | RESULTADOS |
| 2016-2017 | Cuartos | Bayern-Real Madrid1-2 Real Madrid-Bayern 4-2 |
| 2013-2014 | Semifinales | Real Madrid-Bayern 1-0 Bayern-Real Madrid 0-4 |
| 2011-2010 | Semifinales | Bayern-Real Madrid 2-1 Real Madrid-Bayern 2-1 (1-3, p) |
| 2006-2007 | Octavos | Real Madrid-Bayern 3-2 Bayern-Real Madrid 2-1 |
| 2003-2004 | Octavos | Bayern-Real Madrid1-1 Real Madrid-Bayern 1-0 |
| 2001-2002 | Cuartos | Bayern-Real Madrid 2-1 Real Madrid-Bayern 2-0 |
| 2000-2001 | Semifinales | Real Madrid-Bayern 0-1 Bayern-Real Madrid 2-1 |
| 1999-2000 | Semifinales | Real Madrid-Bayern 2-0 Bayern-Real Madrid 2-1 |
| 1987-1988 | Cuartos | Bayern-Real Madrid 3-2 Real Madrid-Bayern 2-0 |
| 1986-1987 | Semifinales | Bayern-Real Madrid 4-1 Real Madrid-Bayern 1-0 |
| 1975-1976 | Semifinales | Real Madrid-Bayern 1-1 Bayern-Real Madrid 2-0 |