Marlon Santos llegó al Barça cedido por el Fluminense: el central brasileño se incorporó al filial de Gerard López en el verano de 2016, pero esa misma temporada (2016-17) ascendió puntualmente al primer equipo a las órdenes de Luis Enrique.
De hecho, Marlon llegó a jugar un partido de Champions, ante el Celtic de Glasgow, y dos encuentros completos de Liga, ante el Eibar y la UD Las Palmas, ante las bajas en defensa que acumulaba el primer equipo.
A final de temporada, concretamente en el mes de junio de 2017, el Barça comunicó oficialmente que ejecutaba la opción de compra por el central brasileño, un desembolso de seis millones de euros. Marlon firmó un contrato por tres temporadas y tendría ficha del primer equipo.
cedido al niza
Sin embargo, poco tiempo después, ya en plena pretemporada del primer equipo con Ernesto Valverde como entrenador, el Barça comunicó la cesión del jugador brasileño al Niza, durante dos temporadas, la 2017-18 y la 2018-19, "para que el jugador siga creciendo", según indicaba el club en su comunicado oficial.
Antes de abandonar el Barça para irse cedido al Niza, Marlon contribuyó decisivamente al ascenso del Barça B a Segunda, a las órdenes de Gerard. En total, sumó 27 partidos con el Barça B.
Ya en Francia, Marlon vive una temporada irregular, acorde a la que está protagonizando su nuevo equipo, octavo clasificado de la Ligue 1.
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Marlon ha disputado 19 partidos con el Niza, 15 de Liga, tres de Europa League y uno de la Copa de la Liga. Aunque las lesiones le han respetado, ha alternado la titularidad con la suplencia a lo largo de todo el curso.